Сад расположен на территории парка Лесотехнической академии, в северной половине Санкт-Петербурга, в Выборгском административном районе, метро Лесная

Ботанический сад расположен в границах памятника истории и культуры общероссийского значения «Комплекс Лесного института» (1820 - 1840гг., 1900гг., арх. Нелингер А.Д., Лукини И.Ф., Дитрих А.И.). На территории БС расположено 17 памятников (23 объекта) федерального значения и 8 памятников – регионального значения: «Комплекс зданий приюта-лечебницы Е.А.Евреиновой для хронически больных детей, 1898-1901, арх. Э.И.Жибер» - 5 объектов и «Комплекс братских захоронений» - 3 объекта.

22 апреля 1827 г., его Императорское Величество Николай I утвердил к исполнению записку министра финансов генерал-лейтенанта графа Е.Ф. Канкрина об устройстве Лесного парка на даче Санкт-Петербургского Форст-Института. При Лесном институте тогда находились 277 десятин земли, частью покрытых лесом, частью болотами и голыми песками. С 1827 г. принадлежащие институту земли стали постепенно обращать в лесной парк, который, по осушении болот, должен был служить украшением местности и предоставлять воспитанникам Лесного института возможность практических занятий по посеву и посадке лесов. В том же году «для производства лесных плантаций» в институт был приглашен специалист по разведению лесов Иенш. Для этих целей назначено было к отпуску единовременно 30 тыс. руб. и ежегодно 3300 руб. Нужные для посадки деревья и их семена разрешено было получать из казенных лесов или покупать. В 1827- 1828 гг. были разбиты дороги и определены места для строений, огородов, английского сада и т.д. В парке был сделан один небольшой «плантаж» из сосен, другой – из елей. В 1833 г. был заложен дендрологический сад, а год спустя - построена оранжерея с помещением для садовника. Общий расход на устройство парка, посадку и посев деревьев, устройство ботанического сада, оранжереи, дорог, изгородей, на осушку болот и обработку земли под луга, поля и огороды составил к 1837 г. более 85 тыс. руб. Для устройства парка Лесного института был приглашен придворный садовник Джозеф Буш (1760 – 1838), который в 1830-1831 гг. составляет сметы на земляные работы и план устройства дороги к институту. За успешные труды он удостоился всемилостивейше пожалованного ему подарка в 1200 руб. из Кабинета Его Величества. С 1837 г. развитие парка производилось на счет общих сумм, ассигнованных на содержание Лесного и Межевого института. Заботы об улучшении парка и прилегающей местности не прекращались. По заказу директора института садовник Питер Бюк, известный по созданию на Елагином острове лучшего в Петербурге Ботанического сада, выполняет эскиз плана и приблизительную смету на устройство сада. Ежегодно воспитанниками высаживалось несколько тысяч саженцев и не только лесообразующих пород нашей зоны, но и других, на произрастание которых в парке института едва ли была надежда. Из Парижа выписывали саженцы веймутовой сосны, белой ели, красного дуба, белой акации, тюльпанного дерева и др. Саженцы дуба черешчатого в возрасте от 3 до 20 лет доставлялись из Лисинской дачи и Новгородской губернии. В 1841 г. был создан питомник древесных растений. За 4 года существования питомника, с 1885 по 1888 г., из него было пересажено в парк около 8000 деревьев и кустарников. Результаты этих работ сохранились до наших дней в виде старовозрастных древостоев вблизи здания академии. Лесной питомник просуществовал до Великой Отечественной войны и сыграл большую роль не только в деле благоустройства парка, но и стал научно-исследовательской лабораторией, результаты работ которой вошли в фонд русской науки о лесе. С 1850 по 1862 г. садовником в парке института работал Р.И. Шредер. В этот период парк за хорошее содержание и художественные достоинства снискал заслуженную славу в Петербурге, что было отмечено в ходатайстве о награждении Шредера медалью. В начале 80-х годов парком заведовал садовник Юрвейн, а после его смерти с 1886 по 1931 г. главным садовником был - Э.Л. Вольф (1860-1931). Э.Л. Вольф, проделал огромную работу по благоустройству парка и расширению дендрологического сада, составил его описание, большое внимание уделял цветоводству: ежегодно устраиваемый цветник перед главным зданием Лесного института являлся непревзойденным в городе. В конце XIX в. был расширен торговый древесный питомник парковых деревьев и кустарников до 7,5 десятин. Он написал более 200 трудов и статей научного и прикладного характера по дендрологии и парковому садоводству на русском, немецком, французском и английском языках. После смерти Э.Л. Вольфа руководство парком и дендросадом с 1931 по 1936 г. - переходит к П.А. Акимову, а с 1938 до 1942 г. - к проф. В.Н. Сукачеву и Н.М. Андронову. С 1942 г. садово-парковым хозяйством заведовала А.А. Грабовская, на долю которой выпала тяжелая участь сохранения объектов в этот трудный период, а так же начало восстановления парка после войны. Великая Отечественная война и блокада Ленинграда нанесли саду большой ущерб. Особенно пострадал Верхний дендросад: если в 1935-1936 гг. в нем числилось более 1200 видов и форм древесных растений и 3850 экз., то после войны осталось всего 800 видов и форм и около 2155 экз. Восстановление парка Лесотехнической академии началось в 1946 г. коллективом сотрудников садово-паркового хозяйства под руководством А.А. Грабовской и ее заместителя В.В. Хаванской: была не только упорядочена территория парка и ликвидированы последствия войны, но и создан ряд интересных посадок в парке. В 1952 г. садово-парковое хозяйство было передано учебной части. Категория «ботанического» была присвоена саду в 1970 г. приказом № 402 от 13 июля 1970 г. МВ и ССО РСФСР, «...с целью сохранения, изучения и обогащения имеющейся уникальной мировой коллекции древесных растений, а также учитывая научную значимость работ, проводимых по интродукции и акклиматизации древесных пород в природных условиях северо-западной зоны СССР». Ботанический сад был организован на базе садово-паркового хозяйства академии (дендрариев, питомников, парка, оранжереи и цветочных плантаций) с общей площадью 43,7 га. Исполняющим обязанности директора Ботанического сада был назначен В.И. Дрожжин, научным руководителем – доцент Ф.А. Чепик. В дальнейшем в должности директоров Ботанического сада работали: В.Г. Иванов с 1972 по 1976 г., Е.В. Сметанников с 1976 по 1980 г., В.М. Полежай с 1980 по 1984г., Г.А. Веретенникова с 1984 по 1989г., Н.П. Захарова с 1989 по 1992г., доктор.биол.наук, проф. А.Ф. Чмыр с 1992 по 1994г. С 1994 г. по настоящее время эту должность исполняет канд. биол. наук. Н.П. Адонина. В развитие Ботанического сада принимали участия многие поколения питомцев бывшего Лесного института, его профессора и преподаватели. Широко известные в нашей стране и за ее пределами лесоводы – профессора Ф.К. Арнольд, А.Ф. Рудзский, Г.Ф. Морозов, В.Д. Огиевский, акад. И.П. Бородин и другие немало способствовали развитию и пополнению коллекций сада, вели в нем исследования и привлекали к этому студентов. Большое внимание его насаждениям уделяли профессора М.Н. Римский-Корсаков, С.И. Ванин, Н.П. Кобранов, А.Д. Дубах, Г.Г. Доппельмаир, Л.А. Иванов, М.М. Орлов, акад. И.В. Тюрин и др. Неустанную заботу о парке, дендрологическом и ботаническом садах проявлял академик В.Н. Сукачев. Коллекция обязана ему многими пополнениями, в частности ценнейшими видами из Забайкалья. Большой научной известностью обязан сад работам климатологов - профессоров Д.А. Лачинова и В.Н. Оболенского, почвоведов – проф. П.А. Костычева и акад. К.К. Гедройца, фенолога проф. Д.Н. Кайгородова, зоолога и энтомолога проф. Н.А. Холодковского, орнитолога проф. А.А. Силантьева, геологов - П. Перелыгина и проф. С.А. Яковлева и др. По самым скромным подсчетам, на объектах сада было выполнено свыше 300 научных работ.