Государственный природный заказник регионального значения «Шоинский» имеет общую площадь 16400 га. Территория представляет собой уникальные водно-болотные угодья побережья Белого моря с морскими лайдами и пойменными устьевыми частями рек Шойны, Месны и Торны, имеющими международное значение в охране и воспроиз-водстве водоплавающих птиц.

Режим нижнего течения рек сильно зависит от приливно-отливных явлений, влияние которых сказывается на многие кило-метры вверх по течению. Почти все водоемы заказника - солоноватые, с засолением морского типа, лишь в дюнах имеются пресные озерки.

Наиболее крупные озера - Агафоново, Костино расположены в северо-восточной части заказника и оз. Артилово - в центральной части. Практически вся равнина, представляет собой литораль, нижние уровни которой заливаются во все приливы, а большая часть (марши) заливается при приливах, совпадающих со штормами западных и северо-западных направлений. На этих участках развиваются приморские луга или марши с особой растительностью, являющиеся кормовой базой для многотысячных стай травоядных птиц.

Во флоре заказника представлено большое количество редких для округа видов, включенных в Красную книгу НАО (2006), лебеда голостебелная, лигустикум шотландский, жабрица скученная. В заказнике также зарегистрированы редкие виды, включенные в Приложение к Красной книге НАО - голокучник трехраздельный, примула норвежская, пололепестник зеленый, солерос Поярковый, триполеум обыкновенный (астра солончаковая).

Численность птиц огромна особенно при массовом весеннем пролете. Колония белощекой казарки, одна из крупнейших в мире образовавшаяся во второй половине 1980-х гг. и активно растущая до настоящего времени на протяжении вот уже 25 лет изучается российскими и зарубежными орнитологами.

На маршах и в тундре гнездятся черная казарка, гуменник, белолобый гусь, многочисленные утки (шилохвость, морянка, длинноносый крохаль, чернозобая и краснозобая гагары). Из куликов - белохвостый песочник, круглоносый плавунчик, кулик-сорока, камнешарка, фифи, турухтан, бекас.

На море у эстуариев наблюдаются длинные стаи гоголя, морской чернети, синьги, турпана. Отмечены скопления лебедя-кликуна, зарегистрировано пребывание лебедя-шипуна. Около 10 видов птиц, встречающихся на территории заказника, взяты под охрану - включены в Красные книги НАО (2006), РФ (2001) или Международную Красную книгу - пискулька, серый гусь, степной лунь, беркут, орлан - белохвост, сапсан, кречет.