Заказником в Солтонском районе является природно-хозяйственная территория, включающая весь комплекс ландшафтов лесных, луговых, водно-болотных и других угодий долины реки Нени, общей площадью 0,8 тыс. га. Территория заказника представляет собой увалисто-холмистое плато Салаирского кряжа.

Государственный природный заказник "Ненинский" является комплексным (ландшафтным) и предназначен для сохранения природных комплексов Салаира и долины реки Нени, мест обитания акклиматизированных животных – бобра норки, выдры.

Река Неня, правый приток Бии, берет начало на юго-восточных склонах Салаирского кряжа. Длина реки – 185 км, площадь бассейна 2210 км2. Основные притоки Черняй, Уруна, Солтонка, Караган, Шалап, Карабашка. Водосборная поверхность холмисто-увалистая, сильно расчлененная. Высота местности над у.м. до 600 м. Облесено 23 % площади водосбора, заболочено – 7 %. Ширина долины в верховьях равна 1 км, в среднем и нижнем течении – 4-6 км, на последних 30 км долина снова сужается до 1-1,5 км.

Горы Салаирского кряжа играют роль мощного конденсатора влаги, количество осадков увеличивается вдвое по сравнению с равнинами западных районов края. Среднее количество осадков за год на территории заказника составляет 800 мм. Распределение их на территории равномерное. Относительная влажность воздуха 60-65%. Юго-западное направление ветра преобладает практически в течение всего года, эти ветра характеризуются большой скоростью, до 25-30 м/сек. Снеговой покров держится около 150 дней.

Для окружающей территории заказника характерен холмистый эрозионный рельеф с выпуклыми водораздельными пространствами, расчлененными густой сетью долин, логов, болот, балок. Узкие увалы имеют слабую водораздельную поверхность и довольно крутые склоны выпуклого профиля. Типичны широкие (1-3 км) плоскодонные заболоченные долины.

Преобладающие высоты на территории прилегающей к заказнику варьируют в пределах от 231 до 360 м над у. м. Степень расчленения рельефа сильная, среднее расстояние между соседними понижениями равно приблизительно 0,6-0,5 км. Овражность территории низкая.

Почвы заказника преимущественно луговые и лугово-болотные аллювиальные.

В заказнике преобладают ландшафты речных долин с разнотравно-злаковыми заболоченными лугами в сочетании с древесно-кустарниковыми зарослями и березовыми, елово-березовыми, осоково-вейниковыми заболоченными лесами.

Растительный покров.
Основную часть территории заказника занимают разнотравно-злаковые и осоково-злаковые заболоченные луга в сочетании с древесно-кустарниковыми зарослями. В северной части заказника преобладают осоковые, осоково-вейниковые и тростниковые низинные болота. В долине р. Неня в составе древесно-кустарникового яруса растительности отмечаются черемуха, смородина черная, калина, ива прутовидная.

Долинные природные комплексы примыкают к вторичным осиновым и березово-осиновым высокотравным лесам сопредельных с заказником территорий. Из растений, включенных в красные книги Российской Федерации (2008) и Алтайского края (2006) отмечен пальчатокоренник балтийский.

Животный мир.
Млекопитающие охотничье-промысловой группы представлены видами лесного и пойменного комплексов. Встречается рысь и обыкновенная лисица. Присутствуют: лось, американская норка, обыкновенный бобр, колонок. На территории заказника возможно нахождение от одной до четырех особей редкой в крае выдры. Обитает здесь заяц-беляк. На уровне двух-трех десятков держится численность ондатры.

Фауна и население прочих млекопитающих – насекомоядных, мелких грызунов, рукокрылых не изучена.

Из видов орнитофауны здесь доминируют: обыкновенная чечевица, рябинник и черноголовый чекан. Многочисленны обыкновенная овсянка, обыкновенный скворец, дубровник, лесной конек, серая славка, садовая камышевка, варакушка, перепел, черноголовный щегол, в колках – обыкновенная кукушка, в лугах среди болот – певчий и пятнистый сверчки. Обычны сорока, белошапочная овсянка, степной конек, обыкновенный соловей, голосистая пеночка, коростель, обыкновенная иволга, соловей-красношейка, лесной дупель, пеночка-теньковка, камышевка-барсучок, луговой чекан, длиннохвостая синица, местами – большая синица. На полях обычен полевой жаворонок. В лугах среди болот чаще отмечался серый журавль, длиннохвостая чечевица (урагус), бекас, тетерев, кряква, вальдшнеп, бурая пеночка. Только в колках окруженных лугами держится зяблик, коноплянка, пестрый дятел, обыкновенный жулан, обыкновенный снегирь, буроголовая гаичка, «краснокнижный» иглохвостый стриж и некоторые другие.

Присутствуют здесь синантропные врановые – сорока, галка, серая ворона, в небольшом числе грач. Отмечены белоспинный, пестрый, малый и трехпалый дятлы, ворон, клинтух, большая горлица.

Из хищников зафиксированы все три вида светлых луней – полевой, луговой и степной, первые два редки, третий – чрезвычайно редок. В настоящее время он включен в Красную книгу Российской Федерации (2001). Кроме того, здесь отмечены обыкновенная пустельга, черный коршун, перепелятник, обыкновенный канюк; из числа «краснокнижных» – большой подорлик с неясным характером нахождения.

В пойменных местообитаниях вдоль русла реки гнездятся речные утки – кряква, чирок-трескунок, возможно, свистунок. Вероятно гнездование широконоски, серой утки, красноголовой чернети и некоторых других. Гнездится здесь лысуха, по всей вероятности, есть погоныш, возможно – камышница, а также кулики – перевозчик, черныш, травник, чибис, желтоголовая и белая трясогузки. Встречается обыкновенный зимородок.

Герпетофауна территории заказника представлена двумя видами – остромордая лягушка и живородящая ящерица.

Ихтиофауна водоемов заказника включает сибирского ельца, плотву, речного гольяна, щуку.

Ненинский заказник – один из самых маленьких по площади, в 1999 г. преобразован из бобрового в комплексный. Его особенность – вытянутость узкой лентой (400 м в ширину) вдоль русла р. Мостовая – накладывает существенные ограничения на эффективность осуществления им функции сохранения видового разнообразия генофонда животных. У многих млекопитающих и птиц размеры индивидуальных или гнездовых территорий соизмеримы или даже превышают ширину охраняемого пространства, и потому их охрана не может быть достаточно результативной. На территории заказника зафиксировано нахождение трехпалого дятла. В аналогичных местообитаниях смежных территорий встречены степной лунь, таежный сверчок. Здесь возможно также нахождение серого сорокопута, балобана.