Основной целью создания памятника природы является сохранение уникального природного объекта в естественном состоянии.

Задачи по сохранению памятника состоят в следующем:
- сохранение естественных природных комплексов;
- сохранение защитных, санитарно-гигиенических функций озера;
- поддержание целостности и предотвращения деградации уникальной экосистемы;
- предотвращение нарушение водного режима;
- сохранение редких видов животных и растений, в том числе занесенных в Красные книги Российской Федерации и Республики Алтай;
- организация экологического воспитания, образования и просвещения местного населения;
- проведение научных исследований, в том числе фонового экологического мониторинга.

Озера расположены в Центральном Алтае на отметках 1710 и 1740 м. Занимают троговоу долину вершины р. Мульта, между субмеридиональными отрогами Катунского хребта северо-западного фланга. В макрорельефе преобладают узкие гребневидные водоразделы с отметками до 3000 м и фрагменты древних пенепленов. Относительные превышения водоразделов над долинами в районе озер достигают 1200 и более м. Современную скульптуру рельефа образуют: кары, ледниковые троги, курумы и многочисленные осыпи по склонам.

Район озер характеризуется резко континентальным климатом: низкими летними температурами – 11-12ºС, относительно повышенными зимними температурами (-18-20ºС). Годовая сумма осадков 600 мм, их максимум приходится на лето. Мощность снежного покрова – 50-150 см. Биоклиматические условия преимущественно дискомфортные.

Нижнее Мультинское озеро расположено на высоте 1710 м над уровнем моря, имеет длину 2370 м, максимальную ширину 900 м, среднюю глубину 21,5 м. Его берега представляют собой склоны с углами наклона 6-8° и относительной высотой 500-600 м.
Среднее Мультинское озеро расположено на высоте 1740 м над уровнем моря. Его длина 1990 м, максимальная ширина 750 м, средняя глубина 8 м. Берега озера крутые (8-10°) с абсолютными высотами 2500 м. К озеру спускаются многочисленные осыпи (некоторые задернованы) размеры обломков которых достигают 1 м в поперечнике. Небольшие снежники дают начало многочисленным ручьям, которые питают озеро.

Озера являются подпрудными. Неширокий перешеек между Нижним и Средним озерами, высота которого составляет 30 м, образован мореной, состаящей из обломков различной величины (до 20 м в поперечнике). Вода бурно прорывается сквозь эту запруду, получившую название "Шумы".
В виду удаленности озер химический состав и динамика гидрохимического режима воды их практически не изучались. По результатам работ, проведенных научно-исследовательской химико-экологической лабораторией ГАГУ вода Нижнего

Мультинского озера является гидрокарбонатно-кальциево-магниевой, слабоминерализованной, мягкой.

В воде озера обнаружены в незначительных количествах нитраты и нитриты. Значения БПК5 изменялись за период исследований от 0,5 до 1,17 мгО2/дм3, что позволяет считать водоем экологически чистым.

Вода Среднего Мультинского озера явялется также гидрокарбонатно-кальциево-магниевой. Химический состав ее идентичен химическому составу воды Нижнего Мультинского озера. Однако в ней несколько выше содержание ионов натрия и калия, что, видимо, объясняется условиями питания озер и водой, поступающей с площади водосбора. Вода мягкая, значения жесткости лежат в пределах 0,71-0,92 мг-экв/дм3. По значениям БПК5 (0,39-0,93 мгО2/дм3) воду озера можно также считать чистой.

В районе озер преобладают низкотравные горно-луговые маломощные почвы (в долине р. Мульта), сменяющиеся вверх горно-тундровыми перегнойными почвами.

Растительность окрестностей Мультинских озер достаточно разнообразна и имеет много общего с растительностью района Кучерлинского озера, что, вероятно, можно объяснить географической близостью этих объектов. В лесном поясе преобладают лиственнично–кедровые и лиственничные леса с развитым травостоем и кустарниковым ярусом. По склонам северной экспозиции развиты зеленомошниковые типы леса, где верхнюю границу, обычно, образует сосна сибирская (кедр) – Pinus sibirica. Для субальпийского пояса характерны ерники, среднетравные и крупнотравные субальпийские луга, редколесья. По южным склонам встречаются луговые степи. В альпийском поясе обычны дриадовые (с Dryas oxyodonta) и ерниковые (с Betula rotundifolia) тундры. Изредка встречаются сообщества пустошного типа с преобладанием видов родов: кобрезия (Kobresia), овсяница (Festuca), осока (Carex). Значительные площади занимают осоковые и зеленомошниково–осоковые болота. Флора насчитывает около 350 видов из 185 родов и 56 семейств. Наиболее богаты видами семейства: сложноцветные (Asteraceae), мятликовые (Poaceae), лютиковые (Ranunculaceae), роды: осока (Carex), ива (Salix), мытник (Pedicularis), горечавка (Gentiana). Самобытность флоры не велика. Эндемичные виды, свойственные этому типу флор, отсутствуют. В списке редких растений – родиолы: морозная – Rhodiola algida, розовая – Rh. rosea, четырехчленная – Rh. quadrifida; шиповник остроиглистый – Rosa oxyacantha, копеечник чайный – Hedysarum theinum и др. Флора по структуре и видовому составу является типичной высокогорно–лесной.

В озерах водится хариус (Thymallus arcticus), в нижнем озере у истоков р. Мульта в 1964 году был отловлен занесенный в Красные книги РФ (2001) и РА (2007) ускуч (Brachymystax tumensis). На озерах летом держатся разные водоплавающие птицы, в том числе занесенные в Красную книгу РА: чернозобая гагара (Gavia arctica), большой баклан (Phalacrocorax carbo), горбоносый турпан (Melanitta deglandi) На берегах гнездятся кулики разных видов (семейство Charadriidae), в лесу можно встретить глухаря (Tetrao urogallus), рябчика (Tetrastes bonasia), медведя (Ursus arctos), соболя (Martes zibellina), марала (Cervus elaphus), на субальпийских и альпийских лугах - белую куропатку (Lagopus lagopus), азиатского бекаса (Gallinago stenura) и других охотничье–промысловых животных. В Красные книги занесены отмеченные здесь из насекомых - аполлон обыкновенный (Parnassius аpollo) и чернушка Киндермана (Erebia kindermanni), из птиц - скопа (Pandion haliaetus), беркут(Aquila chrysaetos), горный дупель (Gallinago solitario), большой сорокопут (Lanius excubitor).