Основной целью создания памятника природы является сохранение уникального природного объекта в естественном состоянии. Задачи по сохранению памятника состоят в следующем:
- сохранение естественных природных комплексов;
- сохранение защитных, санитарно-гигиенических функций озера;
- поддержание целостности и предотвращения деградации уникальной экосистемы;
- предотвращение нарушение водного режима;
- сохранение редких видов животных и растений, в том числе занесенных в Красные книги Российской Федерации и Республики Алтай;
- организация экологического воспитания, образования и просвещения местного населения;
- проведение научных исследований, в том числе фонового экологического мониторинга.

Озера расположены в днищах глубоковрезанных (120-150 м) крутосклонных каров в восточной части г. Сарлык (2507 м), а также на платообразной поверхности Семинского хребта. Перепад абсолютных высот между котловинами озер 200-210м. В районе преобладают крутосклонные скалисто-осыпные морфоструктуры мезорельефа с фрагментами моренных отложений и наложенными формами нивального, эрозионно-денудационного и криогенного генезиса.

Район озер характеризуется резко континентальным климатом. Cреднегодовая температура -5,4 оС. Средняя температура июля 7- 8 гр. С. Продолжительность периода с отрицательной температурой более 8 месяцев. Средняя температура января -17 – (-18) оС. Из-за высокой повторяемости атициклональной инверсия сжатия зимой погода более теплая чем в прилегающих долинах. Средняя годовая скорость составляет 6-7 м/с. В течение года 140-150 дней сильный ветер со скоростью более 15 м/с.
Годовое количество осадков 600—750 мм, из них за зимний период менее 100 мм. Высота снежного покрова 20-60 см.

Биоклиматические условия зимой остро дискомфортные, летом умеренно дискомфотный.

Нижнее Туюкское озеро лежит на абсолютной высоте 2110 м, длина его 330 м, ширина 265 м, протяженность береговой линии 900 м, максимальная глубина 3 м, площадь водного зеркала 52500 м2. Озеро ледникового происхождения. Моренный вал, длиной 350 м, подпруживает озеро с северной стороны. Он сложен крупнообломочным материалом размером 1-1,5 м. Западный и юго-западный берега Нижнего Туюкского озера - стены кара крутизной 35-40° с относительным превышением 120-150 м. К береговой части подступают продукты разрушения кара. Максимальные глубины приурочены к северной стороне озера. Дно сложено обломочным материалом размером 0,5-1,0 м в диаметре. Питается озеро за счет атмосферных осадков и снежников. Вода пресная, без запаха и привкуса, температура поверхностного слоя достигает +17 - +18°С (июнь).
Верхнее Туюкское озеро располагается на дне древнего кара, открытого в северном направлении. Оно лежит на расстоянии 2 км от Нижнего озера и превышает его на 310 м. Абсолютная высота 2420 м, длина 245 м, ширина 265 м, длина береговой линии 1050 м, площадь зеркала 72500м2. Озеро имеет округлую форму и несколько вытянуто с юга на север. Берега озера каменисты и обрамлены почти отвесными стенами кара. Озеро проточное. Небольшой ручей соединяет его с Нижним Туюкским озером. Озеро питается атмосферными осадками и грунтовыми водами. Наибольшие глубины наблюдаются в южной части (6,6

Вода в озере пресная, прозрачная, температура воды у поверхности в июне +15 - +16°С. Химический состав и гидрохимический режим воды озёр не изучен.

Растительность в районе Туюкских озер представлена фрагментами мохово–лишайниковых, щебнисто–лишайниковых, водяниково–лишайниковых, ерниковых тундр и альпийских лугов.
В надпочвенном покрове преобладают лишайники из родов Cladonia, Alectoria, Cetraria; мхи: Pleurozium schreberi, Polytrichum strictum, P. piliferum, Helocomium proliferum. Из травянистых растений встречаются: трищетинник колосистый – Ttrisetum spicatum, камнеломка крупночашечная – Saxiflaga macrocalyx , ожика колосистая – Luzula spicata, осока Ледебура – Carex ledebouriana, минуарция весенняя и м. двухцветковая – Minuarcia verna, M.biflora, горечавка холодная – Gentiana algida, горец живородящий – Poligonum viviparum: из кустарников и кустарничков – береза круглолистная – Betula rotundifolia, некоторые виды ив (Salix), водяника двуполая – Empetrum androgynum. Здесь нередки сообщества пустошного типа с господством видов родов Kobresia, Ptilagrostis, Festuca, Carex. Уровень эндемизма невысок, что свидетельствует о малой самобытности флоры.
ж) краткие сведения о лесном фонде: Шебалинское лесничество, кв. 68 выд. 7, 8

Животный мир окрестностей озер достаточно разнообразен. По берегам в кедровом редколесье из пернатой дичи встречаются глухарь (Tetrao urogallus), рябчик (Tetrastes bonasia), в ерниковой тундре - белая куропатка (Lagopus lagopus), на участках субальпийских лугов с элементами каменистой тундры - тундряная куропатка (Lagopus mutus), азиатский бекас (Gallinago stenura). Всюду ломинирует по численности горный конек (Anthus spinoletta), содоминанты – варакушка (Cyanosylvia svecica), черноголовый чекан (Saxicola torquata), овсянка-дубровник (Emberisa aureola), на участках ерниковой тундры – бурая пеночка (Phylloscopus fuscatus).
Из охотничье-промысловых млекопитающих в районе озер обитают белка (Sciurus vulgaris), соболь (Maries zibelina), солонгой (Mustela altaica), горностай (Mustela ermunea), кабарга (Moschus moschiferus), косуля (Capreolus pygargus), марал (Cervus elaphus). По численности доминируют мелкие зверьки: в кедровом редколесье – бурундук (Tamias sibiricus), на каменистых осыпях – алтайская пищуха (Ochotona alpina), повсеместно – землеройки-бурозубки (род Sorex), полевки (род Clethrionomys, род Alticola, род Microtus). Местами видны кучки выбросов земли из подземных ходов сибирского крота (Talpa altaica) и цокора (Myospalax myocpalax)