В заказнике около 40 болот и займищ, более 20 озер. Большинство озер пресные, самое крупное озеро Горько-Линейное. Также на территории заказника располагается озеро Сладкое (неподалеку от села Кочердык). Озеро бессточное, овальной формы с низкими берегами, покрытыми редкими зарослями солеросов. Вода озера щелочная. Донные отложения относятся к среднеминерализованным слабосульфидным высокозольным сапропелевым грязям, которые обладают целебными свойствами. Озеро имеет большое рекреационное значение. В связи с этим озеро Сладкое выделено в функциональную зону массовой рекреации.На гнездовании в Кочердыкском заказнике отмечено 102 вида птиц или более 90 процентов от всей лесостепной орнитофауны.