На юге и юго-западе горная часть парка омывается Саяно-Шушенским водохранилищем. По нему организуются экскурсии на катере. К услугам туристов комфортабельный катер класса «Ярославец», плавбазы, дебаркадеры. Место базирования катеров – залив Джойская Сосновка, откуда берут начало все маршруты по Саяно-Шушенскому водохранилищу. Расстояние от пос.Шушенское до места базирования катеров на водохранилище – 100 км. По пути следования катера предусмотрены остановки на берегу с целью непосредственного знакомства с природой края. Как правило, выходы осуществляются вблизи оборудованных кордонов.