Цель создания национального парка – сохранение уникальных природных комплексов на Шантарских островах в Охотском море, имеющих большое природоохранное и научное значение, в том числе в качестве мест обитания редких и находящихся под угрозой исчезновения объектов растительного и животного мира, занесённых в Красную книгу Российской Федерации. Шантарские острова отличаются высоким уровнем биологического разнообразия, большой численностью обитающих на них животных и птиц. В реках Шантарских островов находятся крупные нерестилища лососёвых рыб. Акватория Охотского моря вблизи островов является местом нагула и размножения морской ихтиофауны. Здесь регулярно фиксируется появление нескольких видов китов, на побережьях имеются многочисленные лежбища ластоногих животных, в том числе сивуча.

Самый крупный из островов архипелага - Большой Шантар. Ему значительно уступают в размере острова Феклистова, Малый Шантар, Беличий. Растительность архипелага насчитывает 742 вида высших сосудистых растений и в целом похожа на материковую. Изрезанные склоны крупных островов покрыты лиственничниками и ельниками, реже встречается береза, ольха.

Медведь - полноправный хозяин шантарской тайги. Здесь условия его существования близки к идеальным. Многочисленны на островах лисицы и соболи. Реки и озера на крупных островах изобилуют рыбой. На скалах и льдинах греют на солнце свои тела тюлени. Морские воды бороздят киты.

Самые беспокойные обитатели архипелага – это, конечно, птицы. Здесь во время сезонных миграций останавливаются миллионы пернатых, образуя скопления по 35-40 тыс. особей. Помимо морских птиц, встречаются лебеди, черные аисты и редчайший кулик – охотский улит. Настоящим украшением островов является белоплечий орлан.

На архипелаге встречаются 11 видов морских птиц. Наиболее многочисленный вид — очковый чистик. Число особей и число колоний птиц значительно изменяется от года к году. Учёными отмечено, что в 1971, 1978 и 1982 годах число этих птиц, гнездящихся на архипелаге, достигало 18 000—20 000 пар. Самые крупные колонии численностью 7000 и 3000 пар располагались на островах Утичьем и Птичьем. В то же время в 1991—1992 годах только на Утичьем гнездилось 17 500 пар.

В акватории можно видеть подходящих довольно близко к берегам островов гренландских китов.

Описание Шантар будет неполным, если не сказать о многочисленных выходах цветных поделочных камней – яшмы, родонитов, кварцитов. Скалистые, с многочисленными водопадами острова, в обрамлении плавающих льдин очаровывают путешественников суровой северной красотой.